马端临撰《文献通考》，有明确的史学思想作为指导。其要旨大致有三条。第一，是主张“会通因仍之道”。他认为：“《诗》《书》《春秋》之后，惟太史公号称良史。作为纪、传、书、表，纪传以述理乱兴衰，八书以述典章经制，后之执笔操简牍者，卒不能易其体。然自班孟坚而后，断代为史，无会通因仍之道，读者病之。”[3]他说的“会通因仍之道”，至少包含两个方面：一是“理乱兴衰”，二是“典章经制”。从这一认识出发，他十分推崇《资治通鉴》和《通典》二书。他指出：“司马温公作《通鉴》，取千三百余年之事迹，十七史之纪述，萃为一书，然后学者开卷之余，古今咸在。”这是前一个方面的“会通因仍之道”。他又指出：杜佑“始作《通典》，肇自上古，以至唐之天宝，凡历代因革之故，粲然可考”。这是后一个方面的“会通因仍之道”。他进而认为，这两部书并不是尽善尽美的：司马之书“详于理乱兴衰，而略于典章经制。非公之智有所不逮也，编简浩如烟埃，著述自有体要，其势不能以两得也”；“杜书纲领宏大，考订该洽，固无以议为也。然时有古今，述有详略，则夫节目之间，未为明备，而去取之际，颇欠精审，不无遗憾焉”。马端临史学思想的高明之处，是能够实事求是地看待《通鉴》和《通典》所承担的任务及所产生的历史条件。所谓“著述自有体要”，所谓“时有古今，述有详略”，称得上是真知灼见。