污水处理费的征收主要存在三个问题：一是收费标准偏低，难以支付污水处理企业的运行成本；二是收费率较低，在很多区县存在偷逃、拒交、少交等逃避污水处理费征收的现象；三是污水处理费存在挪用的问题，现行污水处理费由供水部门代收，然后上缴财政，再由财政部门根据污水处理企业的处理水量和水质支付污水处理费，在这个过程中往往出现污水处理费挪作他用的问题。
4.投融资体制不够健全，企业融资困难多
一方面，产业化的投融资法律、政策不够完善。公用事业领域放开后，社会资本进入城市污水处理行业的形式、渠道和过程缺乏系统的规范，相关各方的责权利不明确，加大了投资风险。投资方会由于缺乏保障而谨慎投资或要求更高的回报率；政府监管部门在责权利不明确的情况下，一旦违约，需要承担相当大的风险与赔偿责任。国家对于某些融资方式的限制过严，也使本来已非常狭窄的融资渠道缺乏拓展的空间。另一方面，投资运营企业主体发育欠成熟。城市污水处理行业内缺乏优秀的企业资本主体，投资商水平参差不齐。大部分企业缺乏良好的业绩与信誉，一方面不具备在资本市场上融资的资格，不能满足上市或发行企业债券的资格条件；另一方面又缺乏足够的资金进行投资，而且除了政府政策性贷款之外，企业在金融领域也缺乏信贷基础。[11]